雷神洞，原来是一个天然石洞，洞中还有一个小石洞，深不可测，游人香客把铜钱或小石块扔进去，轰轰隆隆，声若雷鸣，半天不绝于耳。据说巫咸父子当年曾在洞中望地气，在山顶观天象以卜四季阴晴云雨，后来当地人们也根据洞中冒出的地气，就能判断出未来几天的天气变化。由于洞顶塌方小石洞已经找不到了，为了安全就用砖砌了起来。南墙上的这通碑上记载了：清雍正元年（公元1723年），住持道人马清源和北山底善士重修卷棚的经过。

雷神洞内供奉的是九天应元雷声普化天尊。他总司五雷，运行三界，主天之灾祸，持物之权衡，掌物掌人，司生司杀。于自然界，兴云施雨，利及万物；于人间，鉴别善恶，区分良莠，代天主持正义，雷击罪恶之人。农历六月二十四日为雷声普化天尊的现世之日，当地人称这一天为“天尊”的诞辰。